台灣教牧心理研究院提供以下學位課程：

• 哲學博士(主修：教牧神學與諮商)
• 教牧學博士(主修：教牧諮商)
• 道學碩士和教牧諮商碩士雙學位
• 教牧諮商碩士
• 婚姻與家族治療碩士
• 宣道碩士

本院是未經教育部核准立案的神學院，教育部是不承認我們的學位課程。